Өзендердің бастауы бұлақтар, қайнар көздер және мұздықтар болып табылады. Алайда соңғы жылдары жүргізілген табиғи бақылау нәтижелері бойынша, қорық аумағындағы бірқатар өзендердің экологиялық жағдайында алаңдатарлық өзгерістер байқалуда.

Атап айтқанда, жаз мезгілінде қорықтың бірнеше өзендерінде Байылдыр, Біресік және Кішіқарақуыс өзендерінде су арналарының толықтай тартылып, уақытша жоғалып кетуі тіркелген. Бұл жағдай табиғи экожүйеге елеулі әсерін тигізіп отыр.

Сонымен қатар, Хантағы, Арпаөзен, Қошқарата, Итмұрын және Үлкенқарақуыс өзендерінде су деңгейінің айтарлықтай төмендеуі анықталған. Су көлемінің азаюы су жануарлары мен өсімдіктерінің тіршілік ету жағдайларын нашарлатуы мүмкін.

Өзен суының тартылуы мен деңгейінің төмендеуі негізінен биылғы жылы жауын-шашын мөлшерінің аз түсуімен және аптап ыстық салдарынан судың булану деңгейінің жоғары болуымен байланысты болып отыр.

Бұл құбылыс қорықтың гидрологиялық режиміне тікелей әсер етіп, экожүйенің тұрақтылығына қауіп төндіруі мүмкін. Осыған орай, жағдайды үнемі бақылап, қажетті экологиялық және ғылыми шараларды қабылдау маңызды болып табылады.