Научная деятельность заповедника осуществляется штатом научных сотрудников - ботаника, териолога, орнитолога, энтомолога, инженера по природопользованию и лаборанта, которые обеспечены  необходимыми полевыми оборудованиями.

Научные исследования проводятся согласно перспективно-тематическому плану НИР путем организации стационарных наблюдений по изучению флоры и фауны заповедника и объектов ГПЗФ.

Ежегодно сотрудники отдела согласно графику проводят научно-исследовательские экспедиции на территории заповедника и ее охранной зоны. Исследования включают мониторинг и учет диких животных и птиц, инвентаризацию флоры и фенологические наблюдения индикаторных видов растений, инвентаризацию энтомофауны,  мониторинг индикаторных видов беспозвоночных животных, выявление редких и исчезающих видов растений, и животных, зенесенных в Красную книгу, мониторинг природных процессов, исследование метеорологических условий и гидрологического режима рек, сбор гербарного и коллекционного материала и их обработка в лабораторных условиях.

Результаты исследований используются при ведении Летописи природы, составлении  кадастровой книги,  годовых отчетов учреждения, отчетов НИР, а также освещаются в ежегодных научных статьях, публикуемых в   ВАКовских изданиях  и собственных научных трудах.