Госинспекторы отдела охраны природных комплексов и объектов РГУ «Каратауский государственный природный заповедник» охраняют редкиерастенияи животные, находящиеся под угрозой исчезновенияизанесенные в Красную книгу Республики Казахстан. В том числе восстановление и сохранение исчезающей популяции эндемика Каратауских гор  - Каратауского аркара.

В отделе охраны природных комплексов и объектов работает 21 госинспектор. Госинспектора полностью оснащены служебным оборудованием: средства радиосвязи, табельное оружие, служебные жетоны, смартфоны, бинокли, автомобили-внедорожники, мотоциклы, снегоходы, служебные лошади.Охрана территории  обеспечивается стационарными и групповыми методами.

Территория заповедника состоит из 11 обходов, в среднем каждый обход составляет  3118 га, обходы закреплены за каждымгосударственным инспектором. В заповеднике и ее охранной зоне построены 7 служебных кордонов: на Южном макросклоне 3 кордона: Байылдыр, Хантаги, Биресик,на Северном макросклоне4 кордона: Каратау, Келиншектау, Бессаз, Дулатбек. Кордоны снабжены солнечными батареями.

В целях обеспечения пожарной безопасности проложены минеральные полосы, расставлены специальные знаки, заключены договоры с хозяйствами, расположенными близ границы с территорией заповедника, ежегодно распространяютсялистовки и проводятся разъяснительные работы с местным населением во время пожароопасногосезона.